王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府效能不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到顶峰，而他撰写《万历十五年》的目的，也在于强调这一点。
明朝万历年间的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人的故事各有特色，都试图通过改革改变局面，但最终都以失败告终，很多人甚至遭到革职或入狱的命运。这群文官为了维护整个集团的利益，让国家武备、科技创新和商业发展都陷入停滞。文官集团的统治给这个国家带来了不幸，而他们与宦官集团之间的权力斗争，更是加速了大明王朝衰败。
从历史上看，万历十五年的确是一种平常无奇的一年，只不过在这个时间点上，有一些历史学家容易忽略的小事态，却实际上是导致前事后果的大要素，是将来事件爆发前的伏笔。在这些事件之间因果关系，就成了历史研究中的重点焦点。《万历十五年》通过对几个关键人物的描述，展现了这个已经衰落帝国悲剧性的命运，最终让这些帝王将相所追求的事业化为泡影。
尽管对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并非无敌，不可取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝特有的特征，就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一刻起，即萬歷十五年的开始，一场西方帝国崛起与东方帝国衰落的大戏就拉开帷幕了！