王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都强调了“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府效率低下。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于证明这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都有自己的特点，都试图做出改革，但最终失败，大部分人还遭遇了革职或入狱这样的下场。一群文官为了整个集团的平衡，让国家武备、科技革新和商业发展都陷入停滞。文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，文官与宦官集团夺权更是让大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年看起来只是一个平凡的一年，只是在这个时间里发生了一些历史学家容易忽略的小事，而这些小事看似不起眼，却是以前大事产生的问题，也预示着将来会掀起波澜的事变。它们之间复杂的情感因果，是历史上的关键所在。在《万历十五年》中，我们通过描述几个关键人物，看到了这个没落王朝悲剧命运，以及历史如何让这些帝王将相所遗忘。
虽然对中国以道德代替法律，黄仁宇已经很透彻地批评——道德非万能，不可以代替技术，更不可代替法律。他认为，明朝特征之一是在“依靠意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国的各个方面，无论从强度还是广度来说，都是空前未有的。
从那以后，一切变化悄然进行，一种无法挽回的大转变开始。这一年标志着中国与西方之间差距不断扩大！西方帝国正在崛起，而东方帝国则步履维艰！