王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府效能不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到顶峰，而他写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一点。
明朝万历年间的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都各有特色，努力改革，但最终大多数人遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，使国家的武备、科技创新以及商业发展都陷入停滞状态。文官集团对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，加上宦官与文官之间权力斗争，更使得大明王朝走向衰败。
在历史上，万历十五年的确是一年中等度平凡，只不过这一年的时间里，发生了一些容易被忽视的小事，却这些事件实际上却是导致后来的重大问题，同时也是未来会引发动荡的机缘。它们之间因果关系，就是历史的一个重点。在《万历十五年》这本书中，我们可以看到这个即将崩溃帝国悲惨命运，以及它如何让那些帝王将相失去一切。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德代替法律这种做法——道德并非无所不能，不足以取代技术，更无法替代法律。他认为，明朝特征之一就在于依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国每一个角落，无论从强度还是广度而言，都达到了前所未有的高度。
从那时候起，即1587年的某个瞬间，中国与西方之间的差距就越来越扩大了！西方正在崛起，而东方则开始走向衰落！