王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能被认为平淡无奇，甚至没有值得一提的事件。然而，它恰恰是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都强调“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在国家的赋税过重，而是在于法律的缺失和政府能力不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于证明这一观点。
在万历年间，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人都有自己的特点，都试图进行改革，但最终都以失败告终，大部分人还遭遇了革职或入狱这样的下场。这群文官为了维护整个集团的利益，让国家的武备、科技进步和商业发展陷入停滞。文官集团对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，加上宦官集团夺权，更是让大明王朝走向衰败。
历史学家们往往忽视了万历十五年的平凡之处，那里的事件虽然看似不起眼，却是以前大事发生问题的地方，也预示着将要掀起波澜的机缘。在这些事件之间因果关系，是历史研究中的重点。通过对几个关键人物描述，《万历十五年》展现了这个没落王朝悲剧命运，历史最终让这些帝王将相所遗忘。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中批评了中国依赖意识形态而不是技术或法律作为统治手段，他认为这种做法充斥了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前未有的水平。
从那以后，中国与西方之间差距越来越大！西方正在崛起，而东方正在沉沦！