王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年却是中国封建王朝发展的一个重要节点。
过去的明史叙述中，“民穷”的说法普遍存在，但黄仁宇提出了不同的看法，他认为国家赋税过重并非民穷的根本原因，而在于法律和政府的低效。中国两千多年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到顶峰，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，就是为了阐述这一观点。
在万历年间的大臣们，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们都以悲剧收场。即便是万历自己，在这种文官集团体制下，只能选择无为而治。这让我们看到了强大体制惯性的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，却试图进行改革，最终失败，大多数人还遭遇了革职或入狱的命运。一群文官为了维护集团利益，让国家武备、科技革新和商业发展停滞不前。文官与宦官之间的斗争，更是导致了大明王朝衰败。
历史上，万历十五年虽然平凡，但其中隐藏着许多容易忽略的小事件，它们似乎微不足道，却又是之前重大事件的症结所在，是后来会掀起风浪的种子。在这些因果关系中，我们看到的是这个落寂帝国悲剧命运，以及帝王将相如何最终沦丧。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批判——道德并非无敌，它无法取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝特有的特征就是依靠意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的高度。
从1587年开始，中国与西方之间的差距日渐扩大！西方帝国崛起之际，对面的是东方帝国沉沦……