王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年却是中国封建王朝发展的一个重要节点。
过去的明史叙述中，“税重民穷”的说法几乎成为常见套话，但黄仁宇则认为，民众贫困的根本原因并不在于国家过度赋税，而在于法律和政府的低效。两千多年的中国历史，在道德代替法制方面到了明代达到顶峰，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，就是要揭示这一观点。
在万历年间，大明朝中的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们都以悲剧收场。即便是当时的皇帝，也只能采取无为而治，因为他们身处一个体制化严密的文官集团之中。这一强大体制惯性所带来的悲哀，让人深感可惜。在这个集团内部，每个人都各具特色，闪耀着光芒，却又试图进行改革，最终均告失败，有人还遭遇革职入狱。而这些文官为了维护整个集团的平衡，不仅阻碍了国家武备科技革新商业发展，还导致了大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一种平凡的一年，但就在这一年里，一系列容易被忽略的小事件发生，它们看似微不足道，却实则是以前重大事件症结所在，是未来将引发巨大波澜的事端。它们之间因果关系恰恰成为了历史研究中的关键焦点。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展现了这个帝国末日悲剧命运，以及最终如何让这些帝王将相消逝。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批判了以道德代替法律的情况——道德非但不能解决问题，而且无法取代技术，更无法替代法律。他认为，明朝特有的特征就是依赖意识形态作为统治手段，使得意识形态渗透到帝国各个角落，无论其强度还是广度，都达到了前所未有的程度。
从那以后，一切开始改变！西方帝国正在崛起，而东方帝国渐渐沉沦。那一刻，即使是平静无奇的一天，也预示着两个世界之间不可逆转的大裂痕逐步形成。在那个时代，那些决策者或许并没有意识到，但他们其实是在选择一个方向：向前，或许也可以说，是向往更高更远的地方。但遗憾的是，那个方向似乎与另一个世界越来越背离……