王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能被认为平淡无奇，甚至没有值得一提的事件。然而，它恰恰是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都强调“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律的和政府能力不足。两千年的中国历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极点，而他写作《万历十五年》的目的，也在于证明这一观点。
明朝万历年间的一位重臣张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，无一例外地以悲剧收场。即使是万历自己，在这种文官集团体制之下，只能采取无为而治。在这样的体制下，他们每个人都各有特点，发光发热，又试图进行改革，但最终失败，大多数人还落得个革职或入狱。一群文官为了整个集团的平衡，使国家的武备、科技革新和商业发展都陷入停滞。文官集团统治让他们对这个国家来说，是一种不幸的开始；文官与宦官之间权力的斗争，更是使大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一个平常见证了一系列历史学家容易忽略的小事端。而这些看似微不足道的小事端，却是以前大事件症结所在，也预示着将要掀起波澜的事变。这其中因果关系，就是历史重点。通过描述几个关键人物，《万历十五年》展现了这个没落王朝悲惨命运，最终由历史淹没了这些帝王将相们。
尽管对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并非无用，不可替代技术，更不可替代法律。他认为，明朝特征之一就是“依靠意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的程度。”
从那以后，一直到现在，那种差距越来越大的感觉一直持续着！西方帝国正在崛起，而东方帝国却渐渐沉沦！