王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的这一年里发生了许多决定性的事件，但也有人认为这一年平淡无奇甚至毫无可谈之处。然而，这一年恰恰是中国封建王朝发展的一个重要阶段。
关于明史的叙述往常都提到“税重民穷”，但黄仁宇则认为，“民穷”的根本原因并非国家赋税过重，而在于法律和政府的低效率。两千多年的中国历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的就是要说明这一观点。
在明朝万历时期，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即便是当时的皇帝，也只能采取无为而治的策略。在这种文官集团体制下，他们每个人都有各自独特的一面，闪耀着光芒，但他们试图进行改革最终失败，大部分人还遭受了革职或入狱等惩罚。一群文官为了维护整个集团利益，让国家武备科技革新商业发展停滞不前。而文官与宦官之间权力斗争更是致使大明王朝走向衰败。
历史上看来，万历十五年的确是一年平平淡淡，只不过这个时候，在清晰的小细节中隐藏着那些容易被忽视却至关重要的事件，它们虽然看似不起眼，却实际上揭示了前事后果，并预示着未来的变动。这一系列因果关系正是在历史中的关键所在。通过对几个关键人物描述，《万历十五年》展示了那个衰落帝国悲剧命运，最终这些帝王将相都被时间抹去了踪迹。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并非万能，它不能取代技术，更不能替代法律。他指出，明朝的一个显著特征就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国的所有方面，无论强度还是广度，都达到了空前的水平。
从那一刻开始，即1587年的某个瞬间，一国与西方之间差距不断拉大！西方帝国正在崛起，而东方帝国却逐渐沉沦！