王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，是中国封建王朝发展的一个十分重要的阶段。过去关于明史的叙述，几乎都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因不在国家的赋税过重，而在法律的和政府的低能。中国两千年来，以道德代替法制的情况，到明代到达了极点，而他写作《万历十五年》的目的，也重在说明这一看法。
明朝万历年的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞……无一不以悲剧收场。甚至万历自己，在这种文官集团体制之下，也只能无为而治。这显示了一种强大体制惯性所带来的悲哀。他们每个人都各有特点，亮光闪闪，但最终失败，大部分人还落得个革职或入狱。一群文官为了整个集团的平衡，让国家武备、科技革新和商业发展陷于停滞。文官集团统治让他们对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，加上宦官集团夺权，更是使大明王朝残破不堪。
历史学家们容易忽视的是，这一年里发生了若干事件，它们虽似末段小节，却是以前大事症结所在，也将掀起后续波澜。这其中因果关系恰恰是历史重点。在《万历十五年》中，对几个关键人物进行描述，我们看到了这个没落王朝悲剧命运，以及历史如何让这些帝王将相所泯灭。
虽然黄仁宇批评了中国以道德代替法律，他认为这是导致问题的一大原因——道德非完美，不可取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝特征之一是在于“依靠意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国各方面，无论从强度还是广度来说，都空前未有。
从此刻起，即 万历十五年的那一刻起，与西方帝国崛起形成鲜明对比的是东方帝国开始走向衰退！
