王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能被认为平淡无奇，甚至没有值得一提的事件。然而，它恰恰是中国封建王朝发展的一个非常关键的时期。
过去关于明史的叙述几乎都包含了“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律和政府能力不足。两千年的中国历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，他写作《万历十五年》的目的也是为了强调这一观点。
明朝万历年间的一位重要宰相张居正、戚继光等人，他们每个人都各有特点，都试图改革，但最终失败，大部分人还遭受了革职、入狱等惩罚。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备、科技进步和商业发展陷入停滞。文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，文官与宦官集团之间权力斗争更是使大明王朝走向衰败。
在历史上，万历十五年看似平常，但实际上它隐藏着若干容易被忽视的小事件，这些事件虽然看似微不足道，却也是前因后果，是将会引发未来重大变动的大事端。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物的描述，看到了这个帝国命运悲剧的轮廓，最终这些帝王将相所追求的事业化为泡影。
黄仁宇在《万历十五年》中批评了中国以道德代替法律这种做法——道德并非无能，不可取代技术，更不可取代法律。他认为，明朝特征之一是在于依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到空前的水平。
从那时起，即萬歷十五年的開始，中國与西方之间差距越来越大！西方帝国正在崛起，而东方帝国却开始走向衰落！