王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能被认为平淡无奇，甚至没有值得一提的事件。然而，它恰恰是中国封建王朝发展的一个非常关键的时期。
在过去关于明史的叙述中，几乎所有的说法都包含了“税重民穷”的论点。但黄仁宇则认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律体系和政府效能问题。在中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极致，而黄仁宇撰写《万历十五年》的初衷之一，就是要说明这一观点。
在万历年间，有着重要地位的大臣如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人都各有特色，都试图进行改革，但最终都以悲剧收场。即使是当时的皇帝万历，在这种文官集团体制下，也只能选择无为而治。这让人看到了一个强大的体制惯性的悲哀。
这些大臣虽然努力尝试改革，但最终失败，大多数还遭受革职或入狱这样的命运。而他们为了维护整个集团利益，使得国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞状态。文官集团统治导致他们对这个国家造成了一种不幸的开始，并且与宦官集团夺权更是加速了大明王朝衰败。
尽管从历史角度来看，万历十五年的确是一年平常无奇，只不过是在这一年的时间里，一些容易被忽略的小事发生了，它们实际上却是以前重大事件症结所在，也预示着将来会引发更多动荡。这其中因果关系之复杂，是历史学家探讨重点的一部分。在《万历十五年》这本书中，通过对几个关键人物描述，我们可以看到这个没落帝国悲剧命运，以及如何一步步走向消亡。
尽管黄仁宇已经在《万历十五年》中深刻批判了中国以道德代替法律的问题——道德并非无用，不足以取代技术，更不能完全替代法律。他认为，明朝特征之一便是在于“依靠意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。”
从那之后，即开始了东方帝国与西方帝国之间差距不断拉开的情况!西方正在崛起，而东方正在decline!
