王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含了“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府管理上的低效率。两千多年的中国历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一观点。
在明朝万历年的政治舞台上，有着张居正、戚继光、申时行、海瑞等重臣，他们个个都是以悲剧收场的人物。甚至连当时的皇帝万历自己，在这种文官集团体制下，只能选择无为而治。在这样的背景下，可以看出一种强大体制惯性的悲哀。他们每个人都有自己的特点，都试图进行改革，但最终失败，大部分人还不得不面对革职或入狱的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞状态。文官集团的统治对于这个国家来说，无疑是一场灾难性的开始，加之宦官与文官之间权力的斗争，更是导致了大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年其实只是一个平常的一年，却是在这期间发生了一些容易被忽视的小事件。但这些事件，看似不起眼，却实际上是导致后来大事发生的大因素，也是将会引发未来波澜的大机缘。这其中因果关系，正是历史研究所关注的地方。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们可以看到这个正在崩溃的大帝国悲剧命运，以及最终如何让这些帝王将相成为尘土。
虽然黄仁宇在书中已经深刻批评了中国依赖意识形态作为统治手段的问题，他认为这种做法并不能代替技术，更无法替代法律。他认为，明朝的一个特征就是“依靠意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国各个方面，无论从强度还是广度来说，都达到前所未有的程度。”
从那以后，一切似乎都不再一样。那一年开始，不仅标志着中国与西方之间差距日益扩大的一个转折点，而且也是东方古老帝国走向沉沦之路的一个分水岭。而西方则迎来了崛起，那是一条充满挑战但又充满希望的情景。