王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的地方。然而，这恰恰是一个中国封建王朝发展非常重要的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到了“税重民穷”的问题，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府的低效率。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点，而他写作《万历十五年》的目的，也是在说明这一观点。
明朝万历年间的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都有各自独特的特质，发光闪耀，同时尝试进行改革，但最终失败，大多数人还遭遇了革职入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备、科技创新和商业发展都陷入停滞。文官集团对这个国家来说，无疑是一次不幸的开始，加上文官与宦官集团之间权力的斗争，更使得大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确只是一个平常的一年，只不过在这一年的时间里，有一些事件被历史学家忽略掉了。但这些看似不起眼的小事实，其实却是之前大事件的一个症结也是将来会引发波澜的事由。在这些事件之间因果关系，是历史上的关键所在。通过描述几个关键人物，《万历十五年》展现了一個即將崩塌的大明帝国悲剧命运，最终让这些帝王将相遗忘。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经批评透彻了以道德代替法律的问题——道德并非无能，不仅不能取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝的一个特征，就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到空前未有的水平。
从那一刻起，即万历十五年的开始，中国与西方之间差距就越来越大！西方的帝国正在崛起，而东方的帝国则开始衰落！