石蕴三与樊锥同为清朝的拔贡生，戊戌变法时期，他们都参与了湖南巡抚陈宝箴的维新运动。变法失败后，两人避难山间躲过通缉。光绪二十六年（1900年），石蕴三参加了汉口起义，但随后逃往上海，并在蔡锷的资助下留学日本。在日本，他先后就读于弘文师范和法政大学，并于光绪卅一年（1905年）加入同盟会，以“苍石”自号表示反清之志。
返国后，石蕴三担任船山学社社长、湘学会组织者，并鼓励学生参与反清活动。他还曾在禹之谟创办的唯一学堂兼课，但由于禹之谟被捕，他不得不再次逃往上海。在那里，他继续其教育事业并撰写多部著作。
民国四年（1915年），袁世凯称帝，蔡锷发起云南起义，而石蕴三则支持刘人熙联桂应滇。民国六年（1917年），他被聘为教育部总纂，并出版了多部书籍。然而，在“一二八”事变中，其作品遭到日本飞机轰炸而丢失；在长沙文夕大火中，其存放在湖南的作品也被焚毁。
抗战胜利后的最后几年里，由于病痛和贫困，石蕴三生活艰苦，最终在民国37年（1948年）7月去世。他的一生充满了对国家和民族的忠诚与献身精神，即使个人遭遇磨难，也从未放弃过自己的理想和信念。