石蕴三的生平与樊锥并称前清拔贡之才。戊戌变法时期，湖南巡抚陈宝箴倡导新学，设立时务学堂、南学会、时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄等人皆参与其中。变法失败后，陈宝箴被革职，而石蕴三与樊锥避难山间幸免于难。在光绪二十六年（1900年），他们参加了唐才常领导的汉口起义，但因失败而再次逃往上海。在那里，他们得到了蔡锷的资助，并在1903年赴日本留学。在日本期间，他先后就读于弘文师范学校和法政大学，并加入了同盟会，以“苍石”为笔名表示反对清朝政府。
返回中国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织成立了湘学会，以鼓励学生反抗清政府。他还在马邻翼创办的唯一学堂（今广益中学前身）任教务长，在禹之谟创办的广益中学兼课。但是，当禹之谟被捕时，他又不得不逃往上海继续他的教育工作。在宣统三年（1911年）的广州起义中，他写下挽联以表达对国家命运的关切：鲁仲连不愿做秦王，而君子们却爱国如爱生命；屈大夫魂游楚地，如生者般死去，如死者般活着。
辛亥革命成功之后，黄兴和宋教仁劝他出仕，但他拒绝了。直到1915年袁世凯称帝，他才在云南起义，与刘人熙联合抵抗袁世凯。此后，他多次遭受政治压力，最终成为教育工作者。他著有多部书籍，其中包括《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等。而随着时间推移，这些作品也遭遇了一系列灾难，最终无一幸存。这段历史上的牺牲与坚持，对未来的一代产生了深远影响。
