石蕴三与樊锥同为清末的拔贡生，戊戌变法时期，他们与谭嗣同、梁启超等人齐聚湖南，与陈宝箴等维新派成员一同策划改革。随着变法失败，他们被迫隐匿山间，后参与唐才常领导的汉口起义，但遭到追捕。在蔡锷的资助下，石蕴三前往日本留学，并在那里深造，最终成为反清复明运动中的重要人物。他曾是同盟会的一员，以“苍石”自号，以示坚定的革命意志。
归国后，石蕴三在船山学社任职，并组织湘学会，以鼓励学生参与反清斗争。他还创办了多所学校，如驻省邵阳中学堂和广益中学前身唯一学堂。在宣统三年（1911年），他积极参与黄花岗起义，但最终因起义失利而导致许多革命者牺牲。辛亥革命成功后，他拒绝接受政府职位，而是继续从事教育工作并撰写书籍。
1927年，一二八事变期间，上海出版的他的著作被日本飞机炸毁，而长沙存有的版本也在文夕大火中丢失。抗战胜利之后，他虽然因为病瘫无法再次出山，却仍然被聘为湖南省政府顾问以获得一些生活补贴。1948年7月，石蕴三去世，其传记亦收录于《人物大辞典》中。
