石蕴三，樊锥同学同为清末学者，皆曾因戊戌变法而闻名。湖南巡抚陈宝箴的维新运动中，他们与谭嗣同、梁启超、熊希龄等人齐聚一堂。变法失败后，陈宝箴等遭革职，而石蕴三等则被通缉，他们避难山间幸免于难。
光绪二十六年(1900)，他们参与了唐才常领导的汉口起义，但遭到追捕。石蕴三逃至上海，得蔡锷资助留学日本。在那里，他先后入弘文师范和法政大学学习，并加入了同盟会，以“苍石”自号表达反清之志。
回国后，石蕴三任船山学社社长和湘学会组织者，不断鼓吹反清思想。他还在邵阳中学堂担任教务长，并在禹之谟创办的唯一学堂兼课。但随着禹之谟被捕，他又避难上海，在中国公学授课。
宣统三年(1911)广州起义失败后，黄花岗七十二烈士牺牲，其余成员如鲁仲连、屈大夫等精神不屈。辛亥革命胜利后，他并未就职，而是继续写作著有《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等书籍。
6年(1917)，范源濂聘他为教育部总纂，又应湖南大学请假回校任教授。此时他已出版多部书籍，如《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》及《说文匡邪》，均在上海出版。
然而，“一二八”事变中他的作品几乎全数被日本飞机轰炸烧毁；剩余的一些也在27年的长沙火灾中丢失。而抗战期间，他辞去职位隐居山村生活，最终37年(1948)7月逝世。在其生前，《人物大辞典》的记载显示了他的人物传记。