樊锥与石蕴三，同为清末学者，皆曾受命于戊戌变法。湖南巡抚陈宝箴倡导新思潮，成立时务学堂、南学会等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄及陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三齐参与其事。在变法失败后，他们被革职并通缉，而樊锥和石蕴三则避居山间幸免于难。
光绪二十六年（1900年），二人再次卷入唐才常领导的汉口起义，但遭到追捕，便逃至上海。得蔡锷资助，他们在二十九年（1903年）留学日本，并先后进入弘文师范和法政大学学习。此后，他们分别加入了同盟会，并以“苍石”自号，以表达反清的情感。
归国后，两人继续从事革命活动，其中樊锥任船山学社社长，同时组织湘学会鼓吹学生反清。而在长沙，与谭心休等人创办了邵阳中学堂，他担任教务长；又在禹之谟创办的唯一学堂兼课。不过，由于禹之谟入狱，他不得不再次避居上海，在中国公学授课。
宣统三年（1911年），广州起义失败，黄花岗七十二烈士殉难，这激发了他强烈的义愤。他写下挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君子爱民，民亦爱国。”辛亥革命胜利后，他拒绝入仕，只专注于文化教育工作。4年（1915年），袁世凯称帝，他支持云南起义反对袁世凯，并多次拒绝政府提出的高官职位。
6年（1917年），范源濂聘他为教育部总纂，还著有《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等书。他还任船山学社社长和湖南大学教授。在“一二八”事变中，其作品版本遭毁灭性损失；抗战期间，又失去存放的地方，因此他的许多著作直到战争结束都未能恢复出版。他晚年的生活困顿，最终在37岁时病逝，《人物大辞典》有传记载其生平。
