石蕴三与樊锥同为清朝末年拔贡出身。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导新思想，成立了时务学堂、南学会和时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥及石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭通缉。他们逃往山间避难，并在光绪二十六年（1900年）8月参加了汉口起义，但随后又逃至上海。在那里，他们得到了蔡锷的帮助，并于光绪二十九年（1903年）留学日本。在日本，他们先是在弘文师范学习，然后转入法政大学。此后，他加入了同盟会，并以“苍石”自称，以示反对清朝统治。
返回中国后，石蕴三担任船山学社的社长，并组织建立了一些学会，以鼓励学生反抗清政府。他还在邵阳中学堂担任教务长，以及在禹之谟创办的唯一学堂兼课。然而，当禹之谟被捕后，他再次逃到上海，在中国公学教授课程。在宣统三年（1911年），广州起义失败，他写下挽联表达自己不畏牺牲的决心：“鲁仲连，义不帝秦；君不爱民民爱国。”辛亥革命成功后，他拒绝接受官位并继续从事教育工作。他晚年的作品包括《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等书籍。
然而，在“一二八”事件中，一些他的著作因为被炸毁而无法幸存。而当长沙遭受大火时，也有一些作品丢失。这之后他选择退隐生活，但仍然受到湖南省政府聘请成为顾问，以补贴他的药费直至去世。他的传记也收录在《人物大辞典》中。
