石蕴三的生平与樊锥同为清朝拔贡出身。在戊戌变法时期，湖南巡抚陈宝箴积极推行新思想，设立了多个学习机构，如时务学堂、南学会和时报馆。谭嗣同、梁启超、熊希龄等人参与其中，与石蕴三一同在这一历史节点。随着变法的失败，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭到通缉。他们避难于山间幸免于难。
光绪二十六年（1900年），石蕴三参加了唐才常领导的汉口起义，但因追缉而逃往上海。他得到了蔡锷的资助，并于二十九年（1903年）前往日本留学。在那里，他先后就读于弘文师范学校和法政大学。在日本期间，他加入了同盟会，并以“苍石”自号，以示其反对清朝政府的立场。
归国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织成立了湘学会，以鼓吹革命思想并策动学生行动。他还在长沙创办了中学堂，并在禹之谟创办的唯一学堂兼课。当禹之谟被捕后，他避居上海，在中国公学授课。
宣统三年（1911年），广州起义失败后，黄花岗七十二烈士殉难，这次事件激发了他的愤慨。他写下了一幅挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；屈大夫，魂游楚国。”辛亥革命胜利后，他拒绝入仕，被誉为“不愿做官”的君子。
袁世凯称帝后的四年（1915年），他再次返回湖南，与刘人熙联合起兵反对袁世凯。第二年的六月，他主持湖南省教育局事务，却又婉言谢绝国家高级职位邀请。在此之后，他继续从事教育工作，最终成为船山学社社长和湖南大学教授，同时著有多部书籍，如《说诗解颐》、《尚书今文通释》等。
然而，“一二八”事变中，一些他的著作版本遭到日本飞机轰炸，而存放在湖南的地方也在1938年的长沙火灾中被毁掉。不久之后，由于战争，再次迁移至外地生活中的他已经老病交加，只能靠顾问身份得到一些补贴来养活自己。1948年的7月份，在抗战结束数月之后，stone去世，《人物大辞典》中记载有其传记。