石蕴三与樊锥同为清朝末年拔贡出身。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导新思想，创办了时务学堂、南学会及时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭通缉。他们逃往山区避难，最终在光绪二十六年（1900年）八月参与了汉口起义，但因追缉不得不再次逃往上海。在那里，他们得到了蔡锷的资助，并于光绪二十九年（1903年）留学日本。
在日本，他先是入读弘文师范学校，然后转至法政大学深造。在那里，他自称“苍石”，表达其反清的决心。此后，他加入了同盟会，并曾任船山学社社长和湘学会组织者，以推动学生反抗清政府。他还参与创办了多所学校，如邵阳中学堂和广益中学前身唯一学堂。在禹之谟被捕后，他继续授课于中国公学。
宣统三年（1911年），广州起义失败，黄花岗七十二烈士牺牲，这激发了他强烈的情感。他写下挽联：“鲁仲连，义不帝秦，君不爱民民爱国；屈大夫，魂游列楚，生者如死死如生。”辛亥革命成功后，他拒绝进入政治岗位，而是选择继续教学。
袁世凯称帝之后，他支持云南起义并帮助刘人熙建立桂系政府。但当刘人熙一度成为湖南都督时，他担任主要官员之一。然而，当黎元洪请他入京处理事务时，他又婉言拒绝。此后，在范源濂任教育部长期间，被聘为总纂撰写多部著作。
随着时间的推移，“一二八”事件发生，在这场战火中他的著作几乎全毁，只剩下一些残卷存留。而在1938年的长沙大火中，更有部分遗稿被焚毁。这段经历让他深感愤慨，不久之后病重去世。
