石蕴三生平与樊锥同为清朝拔贡出身。戊戌变法时期，湖南巡抚陈宝箴倡导改革，创办了时务学堂、南学会及时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭通缉。他们逃往山区避难，最终在光绪二十六年（1900年）八月参与了汉口起义，但随后又因追捕而逃到上海。在那里，他得到了蔡锷的资助，并于光绪二十九年（1903年）留学日本。他先是在弘文师范学习，然后转入法政大学。在那里的第三十一年（1905年），他加入了同盟会，以“苍石”自称，以表达反对清政府的意志。
返回中国后，他担任船山学社社长，并组织成立湘学会，鼓励学生进行反清行动。在次年的长沙，他与谭心休和马邻翼共同创办了驻省中学堂，并担任教务长。此外，他还在禹之谟创建的唯一学堂兼课。但是，当禹之谟被捕后，他不得不再次逃往上海，在中国公学教授课程。
宣统三年（1911年）的广州起义失败之后，有72名烈士牺牲，这激发了他的愤慨。他写下一幅挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君不爱民，民爱国家。”辛亥革命成功后，一些重要人物，如黄兴和宋教仁，都劝他接受官职，但他拒绝并继续致力于教育事业。
直到袁世凯称帝后的四年（1915年），蔡锷领导云南起义，而他一年前已经回到湖南支持刘人熙的桂系力量反抗 袁世凯。这一年之后，当刘人熙短暂成为湖南省都督时，他帮助制定政策。然而当有人推荐他去北京就职时，他婉言谢绝。
六年的时间里，即1922年的6月，范源濂成为教育部长，并聘请他担任总纂编辑了一系列著作，其中包括《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》。此外，还有《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》以及《说文匡邪》，均由上海出版。
然而，“一二八”事变期间，其在上海的一些著作版本遭受日本飞机轰炸而毁失，没有幸存者；那些留在湖南省的地方也在1938年的长沙大火中被烧毁。一九三三九至1949之间，由于战乱和疾病困扰，一直居住在地方的人们生活艰难。而抗日战争胜利后，他们仍然面临着经济困难，只能依靠一些补贴来维持生活直至去世。在最后几岁里，由于健康状况恶化，被聘为顾问以获得一点收入。但最终还是因为疾病离开这个世界，在37岁的时候去世。他的一生故事见载於《人物大辞典》的传记中。