石蕴三，樊锥同学同为清末学者，均享受过拔贡荣誉。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导改革创办了时务学堂、南学会等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三积极参与这场变革。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人遭到通缉。在避难山间的过程中，与樊锥并肩度过。
光绪二十六年（1900年），石蕴三与唐才常共同策划汉口起义，但因追缉而逃往上海，并得到了蔡锷的资助。在那里，他留学日本，并先后就读于弘文师范和法政大学。之后，他加入了同盟会，以“苍石”自号，以示对清朝的反抗态度。
归国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织成立了湘学会，为推动学生反清运动做出了努力。在次年的长沙，他与谭心休等人创建了邵阳中学堂，并担任教务长。此外，在禹之谟创办的唯一学堂（广益中学前身）中，他也兼课教学。
然而，由于禹之谟入狱，石蕴三不得不再次避难上海，在中国公学授课。他在宣统三年（1911年）的广州起义失败以及黄花岗七十二烈士牺牲之后，对此深感愤慨，不畏惧死，用笔疾书了一幅挽联：“鲁仲连，义不帝秦；君不爱民民爱国；屈大夫魂游列楚生者如死死如生。”
辛亥革命成功后，当时的人物，如黄兴和宋教仁，都劝他出仕，但他拒绝了。不过在袁世凯称帝后的1915年，他返回湖南支持刘人熙发动桂应滇事件以对抗袁政府。第二年，当刘人熙短暂成为湖南都督时，石蕴三帮助管理事务，并试图将刘推荐给北京，但是他最终又一次婉拒机会。
1927年，“一二八”事变发生时，其著作版本在上海遭到日本飞机轰炸而全部毁失。而存放在湖南省的书籍，也在1938年的长沙大火中被焚烧无存。随着日军侵占长沙地区，在1939年，即将病重去世前夕，由于经济困难，只能靠省政府顾问职位维持生活，最终在1948年的7月逝世。他的一生故事及作品至今仍被视为中国近代史上的重要人物之一，《人物大辞典》有专门记载其传记。