石蕴三与樊锥同为清朝末年拔贡出身。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导新思想，创办了时务学堂、南学会及时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭通缉。他们逃往山区避难，最终在光绪二十六年（1900年）八月参与了汉口起义，但随后因追捕而逃到上海。在那里，他们得到了蔡锷的帮助，并于光绪二十九年（1903年）前往日本留学初入弘文师范学校，后转入法政大学。三年后，他加入了同盟会，并自称“苍石”，表达其反清的决心。
归国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织湘学会，以推动学生运动反对清政府。他还在禹之谟创办的唯一学堂兼课工作。但当禹之谟被捕时，他不得不再次逃往上海，在中国公学继续教学。在宣统三年（1911年），广州起义失败，他写下挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君子爱民，民亦爱国。”辛亥革命成功之后，他拒绝进入政府工作，但仍然积极参与政治事务。
1915年袁世凯称帝时，他参加云南起义并支持刘人熙成为湖南都督。他也曾多次拒绝高级官职的邀请，最终在1928年的长沙大火中失去大量作品。抗战结束后，由于健康原因他辞去了顾问一职，在1948年的7月去世，其生平故事至今仍为人们所铭记。
