石蕴三，樊锥同学同为清末学者，均曾因戊戌变法而闻名。湖南巡抚陈宝箴的维新运动中，他们与谭嗣同、梁启超、熊希龄等人齐聚一堂。变法失败后，陈宝箴等遭革职，而石蕴三等则被通缉，他们逃往山间避难，与樊锥共度危机。
光绪二十六年（1900年），他们参与了唐才常领导的汉口起义，但随即被迫流亡至上海。在那里，他们得到了蔡锷的支持，并于二十九年（1903年）前往日本留学。在日本期间，他先后入读弘文师范和法政大学，并在三十一年（1905年）加入同盟会，以“苍石”自号，表达反清复明的决心。
归国后，石蕴三历任船山学社社长、湘学会组织者及教务长。他还在禹之谟创办的唯一学堂兼课，但当禹之谟被捕时，他又逃往上海继续教学。宣统三年（1911年），广州起义失败后，他写下挽联以表达对忠诚和爱国的情感。
辛亥革命成功后，他拒绝接受政治职位，并继续从事教育工作。在袁世凯称帝后的民国四年（1915年），他返回湖南协助刘人熙领导反对袁世凯政府的运动。此后，他担任总纂并著有多部书籍，如《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》，但在“一二八”事件中，其作品几乎全数损失，无存。
抗日战争期间，当长沙告急时，他辞去职位隐居山村，以书贴门联示意愤慨：“乱后更无清静土，焚余犹有断残书”。战後虽病重且瘫痪，但仍被聘为湖南省政府顾问，以补贴药费生活。他最终在民国37年的7月去世，在《人物大辞典》中留下了传记。
