石蕴三，樊锥同学同为清末学者，均曾因戊戌变法而闻名。湖南巡抚陈宝箴的维新运动中，他们与谭嗣同、梁启超、熊希龄等人齐聚一堂。变法失败后，陈宝箴等遭革职，而石蕴三等则被通缉，他们避难山间幸免于难。
光绪二十六年（1900年），他们参与了唐才常领导的汉口起义，但随即逃往上海，得蔡锷资助留学日本。在日本，他先入弘文师范，再转入法政大学，并于三年后加入同盟会，以“苍石”自号表达反清之志。
归国后，石蕴三任船山学社社长，与谭心休、马邻翼共同创办了驻省邵阳中学堂，并在禹之谟创办的唯一学堂兼课。然而，由于禹之谟被捕，他又避难上海，在中国公学授课。
宣统三年（1911年），广州起义失败时，他不畏牺牲，与黄花岗七十二烈士并肩作战。辛亥革命成功后，他拒绝官位，而是继续从事教育工作。在四年的袁世凯称帝期间，他支持云南起义反对袁政府。他也曾任总纂，对《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等著作进行编辑。此外，还有《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》和《说文匡邪》的作品流传至今。
然而，“一二八”事变中他的著作在上海遭到轰炸而毁失；长沙文夕大火也烧毁了一些存放在湖南省内的书籍。抗日战争胜利之后，由于病重和贫困状态，他只能穷居山村。一生中的最后几年里，他接受湖南省政府顾问职务，以补贴药费度过余生，最终在37岁时去世，其遗迹被收录进《人物大辞典》，成为了他的一种纪念。
