王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的一刻，也有人认为那一年平淡无奇。然而，这一年恰好是中国封建王朝发展的一个转折点。
过去的明史叙述往往强调“税重民穷”，但黄仁宇则认为国家赋税过重并非民穷之根源，而在于法律与政府的低效。两千年来，以道德代替法制至明代达到极点，他通过《万历十五年》探讨这一观点。
在万历时期的大臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，都以悲剧收场，甚至即使是皇帝自己，在这种文官集团体制下只能无为而治。这体现了强大体制惯性的悲哀。每个人都各有特点，但最终因改革失败而遭受革职或入狱命运。大批文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技革新和商业发展陷于停滞。文官集团的统治成为一个不幸开始，加上宦官夺权，大明王朝走向衰败。
历史学家们常忽略万历十五年中那些看似琐碎却实质重要的小事件，它们揭示了前事的症结，并预示着未来可能引发的大动荡。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们见证了这个落寂帝国的悲剧命运，最终这些帝王将相被时间淘洗干净。
黄仁宇在书中深刻指出中国依赖意识形态作为统治手段的问题——意识形态遍布帝国各个方面，无论其强度还是广度都是前所未有的。而就在这一时刻，中国与西方之间差距日渐拉大，一边是西方帝国崛起，一边是东方帝国逐渐消亡。
