王小波曾形象地将这本书比喻为“不新的《万历十五年》”。1587年的万历十五年，虽然看似平淡无奇，但实际上它是中国封建王朝发展史上的一个重要节点。在对明史的研究中，常见的观点是“税重民穷”，但黄仁宇提出了不同的意见，他认为民穷的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律和政府效能不足。两千多年的中国历史中，以道德取代法制最终达到了极致，在黄仁宇撰写《万历十五年》的过程中，他力图通过这部作品阐述这一观点。
当时的大明朝官员，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们都以悲剧收场。即便是万历帝自己，也只能采取一种被动的统治方式。在这种体制惯性的影响下，每个人都试图改革，但最终失败了，大部分人甚至遭遇了革职或入狱这样的命运。这一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技创新以及商业发展都陷入停滞状态。文官与宦官之间权力的斗争进一步加剧了大明王朝的衰败。
历史学家们往往会忽略这样平凡的一年——而在这一年里发生了一系列容易被忽视的小事件，它们似乎微不足道，却又成为了后来大事发生前的关键因素。在《万历十五年》中，黄仁宇通过对几个关键人物的描述揭示了这个即将崩溃的帝国悲剧命运。他批判了中国以道德代替法律的情况，并指出，这种做法无法替代技术，更无法替代法律。他认为，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段，将意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从此刻起，即万历十五年的那一年开始，中国与西方之间的地理差距日渐扩大。西方强盛帝国正在崛起，而东方古老帝国则步履缓慢地向下坡滑去。