卞敦成年后便先后在州郡和司空府任职,后任太子舍人、尚书郎。卞敦的表现得到很多其他官员的称许,东海王司马越听闻后便召他作为自己的主簿。 永嘉三年(309年),前赵刘聪与王弥等人率五万精锐骑兵进逼洛阳,卞敦与胡毋辅之共劝时任太傅的司马越抗击王弥,但遭到太尉王衍和河南尹潘滔坚决反对。卞敦于是竭力争论,众人都支持卞敦,最终司马越都领兵抵抗并成功击退前赵军。及后卞敦便出补汝南太守,当时司马睿曾边请他出任镇东军咨祭酒,但卞敦不应命。征南将军山简则请得他任其司马。次年,山简应朝廷诏命将流落于南阳地区的雍州流民迁回本乡,并派兵催促流民出发,但这挑起流民王如叛乱;荆州和湘州流民又推杜弢为主于永嘉五年(311年)举兵叛乱。 面对这两场叛变,山简任命卞敦监沔北七郡军事、任振威将军兼领江夏相,屯夏口。卞敦后讨伐沔中的叛乱,都一概平定。建兴三年(315年)杜弢降而再叛,卞敦加征讨大都督参与讨伐。杜弢被平定后卞敦因功而封安陵亭侯。后镇东大将军王敦请得卞敦为军司。 东晋建立后,卞敦任太子右卫率。镇北将军祖逖死后,原本祖逖收复的北方土地被石勒再度攻陷,并且进逼淮河和泗水流域,元帝于是想找良将镇守边境,阻止石勒继续南侵。当时众人都推举卞敦,卞敦于是获任命为征虏将军、徐州刺史,镇守泗口。太宁元年(323年),石勒进攻彭城和下邳,卞敦认为自己不能抵御,于是与征北将军王邃退守盱眙。石勒因此将淮北地区大部分城池都攻陷。卞敦因此而被指畏懦,降职至鹰扬将军,徴为大司农。王敦后表卞敦为征虏将军、都督石头诸军事。 太宁二年(324年),晋明帝趁意图篡位的权臣王敦病重而下令讨伐,升卞敦假节任镇南将军,守石头城。王敦之乱平定后,改拜尚书,并因功封益阳侯。后改任光禄勋。后又出任安南将军、湘州刺史。不久朝廷升他为征南将军,但卞敦辞让。 咸和二年(327年),苏峻联合祖约起兵叛乱,平南将军温峤等领兵救援建康,但卞敦则拥兵不下,而且不给军粮,仅仅派督护荀璲领数百人跟随大军。当时朝野对这没有人不责怪和叹息,征西大将军陶侃更十分忿恨。咸和四年(329年),苏峻之乱平定,陶侃便上奏卞敦“阻军观望,不赴国难,无大臣之节”,并请卞敦收付廷尉。丞相王导以祸乱之后应该多寛赦为由,让卞敦转任安南将军、广州刺史,但卞敦因病不上任。后来被征任光禄大夫,领少府。 卞敦因为没有出兵讨伐苏峻,经常感到惭愧羞耻,对他的评论价亦下降,不久便忧死,获追赠本官,加散骑常侍,谥敬侯。