东晋末年，由于地方割据，中央政府实际控制只限于所谓“东土”的三吴地区。这里南北士族田园别墅最集中，封建剥削最严重，政府又将绝大部分赋役加于此地，农民负担格外沉重。
他们有的沦为奴隶、佃客，有的逃亡山海屯聚反抗。这是孙恩起义爆发于该地，并能坚持数年之久的基本原因。
起义的导火线是399年，朝廷征发“免奴为客”者（指本身或父祖是奴隶，但已放免为佃客的壮丁）当兵，他们不愿应征。征发这部分客，对其主人也是损失，从而引起世家大族对政府的不满。所以一时“东土嚣然，人不堪命”。
孙恩（？～402），出自琅邪（今山东临沂）孙氏，属于低级士族。孙氏奉五斗米道，孙恩的叔父孙泰是大教主。397年，兖州刺史王恭起兵反叛司马元显，孙泰纠合兵众，准备起事，事泄被杀。孙恩逃至今舟山群岛，聚集逃亡农民。
经过
隆安三年十月，孙恩带一百多人从海上登陆，攻下上虞，袭破会稽郡（今浙江绍兴），诛杀内史王凝之。义军得到广大农民和奴客的拥护，也获得部分不满朝廷的地主阶级的响应。于是，会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳、新安等八郡（今浙江大部和江苏东南）一时俱起，杀长吏以应之，史称“旬日之中，众数十万”。孙恩自称征东将军，号义军为“长生人”。
义军无情打击南北士族，如吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明惠、黄门侍郎谢冲，张琨、中书郎孔道、太子洗马孔福、乌程令夏侯愔等先后被杀，他们田园别墅的佃客和奴婢纷纷参加义军。朝廷派卫将军谢琰（子）和北府名将刘牢之率北府兵，孙恩率男女二十万口退入海岛。四年五月，孙恩自浃口（今浙江宁波东北）再次登陆，入余姚，破上虞。邢浦（今浙江绍兴北）一战，又大败官兵，诛杀谢琰及其两子。后因朝廷增兵，义军于十一月再次退入海岛。
五年二月，孙恩第三次自浃口登陆，五月，攻克沪渎垒（今上海），杀吴国内史袁山松。六月，义军浮海进至丹徒（今江苏镇江东南），威胁京师。因建康有备，义军乃北破郁洲（今江苏连云港东）和广陵。后因与刘裕交战屡次失利，损失很大，终于退入海岛。元兴元年（402）三月，孙恩最后一次登陆，不幸战败，投海而死，义军乃推其妹夫卢循为首，继续战斗。
失败
卢循（？～411）出自范阳大族卢氏，但因渡江较晚，未受朝廷重用。元兴二年，卢循与刘裕战于东阳（今浙江金华）、永嘉（今浙江温州）和晋安（今福建福州）一带，不利，乃浮海南下。次年十月，卢循破番禺（今广东广州），自称平南将军，接受朝廷所封征虏将军、广州刺史、平越中郎将官号。并派姐夫徐道覆和亲党占据始兴（今广东韶关南）及其他各部。
卢循、徐道覆虽接受朝廷官号并遣使献贡，但又派人到大庾岭一带伐木，秘密准备北伐船只。义熙六年（410）二月，卢、徐乘刘裕北伐南燕，东晋后方空虚之际，分两路北上。
一路由卢循率领越五岭，经长沙、巴陵（今湖南岳阳）直指江陵。一路由徐道覆率领直下庐陵（今江西吉水北）、豫章（今江西南昌），大败官兵，杀江州刺史何无忌。卢、徐即合兵东下，五月，在桑落洲（今江西九江东北长江中）大败晋大将刘毅，军抵淮口（秦淮河入长江之口，今南京西北），直逼建康。
此时义军战士十余万，舳舻千计，楼船高达十二丈，舟车百里不绝，朝廷一片慌乱，刘裕星夜赶回，仓促应战。徐道覆主张立即登陆与刘裕决战，卢循多疑少决，贻误战机，使刘裕得以集中兵力，周密部署。义军小挫，卢循下令退却。
十月，义军西攻江陵，不利。十二月，义军与官兵在大雷（今安徽望江）、左里（今鄱阳湖口）相继展开死战，损失惨重，南退番禺，但此时番禺已被官兵抢先占领。次年三月，卢循攻番禺不下，转至交州，四月，兵败。同年二月，徐道覆亦牺牲于始兴。