新政府宣布改江户为东京，定为首都，年号明治。因此，1868年及后的一系列改革称明治维新。
1868年4月27日政府公布“维新政体书”，规定天皇有无限权力，下设太政官辅佐天皇，太政官下面设置行政、议政和司法三个部门。大权集中在天皇及其重臣手中。日本建立起了君主制度。在这个政府中，实际负责处理政务的主要是出身于下级武士的倒幕派领袖。
1868年3月，新政府宣布了它的纲领——《五条誓约》，表达了改革封建旧制度和积极向西方学习的决心。
首先，新政府采取了一系列废除封建制度的措施：
1.废藩置县。1869年6月，新政府诱使各藩藩主自动“奉还版藉”于朝廷，把藩主变为藩知事。1871年7月(阴历)，宣布“废藩置县”，废除藩制，全国划分为3府72县，由中央政府任免知事。日本成为中央集权的统一国家，并在事实上废除了封建领主土地所有制。
2.废除封建身份制度和取消武士特权。新政府确立了皇族、华族、士族和平民的身份制。逐渐剥夺了旧统治等级所享有的各种特权，实现了形式上的“四民平等”。先后剥夺了旧统治等级中武士的特权。
3.土地改革。宣布：“各村之地面均应作为农民占有之土地。”后又解除幕府所颁布的禁止土地买卖的禁令。通告在全国丈量土地，发给土地的实际所有者以土地执照，确认其土地所有权。发布“地税改革法令”，规定凡持有土地执照者，均要向政府用现金缴纳地税。政府还向土地所有者征收附加税——村费。上述改革，使日本的土地所有制发生了性的变革，幕藩封建领主的土地所有制被彻底废除，自耕农和新地主成为合法的土地所有者。