王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都强调了“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府管理的低效率。两千多年的中国历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，而他写作《万历十五年》的目的，就在于说明这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都有各自独特的一面，但最终都以悲剧收场。这包括了万历自己，在这种文官集团体制下，只能选择无为而治。从这些人物身上，我们可以看出一种强大的体制惯性的悲哀。在他们努力改革的同时，却又因为各种原因失败，最终有的甚至落得革职入狱。一群文官为了维持整个集团的平衡，使得国家武备、科技革新和商业发展都陷入停滞。而文官与宦官集团之间的斗争，更是加速了大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年虽然看似平凡，但实际上其中隐藏着一些容易被忽视的小事件，这些事件似乎微不足道，但它们却是以前大事发生的问题，也预示着将来会引发更多波澜。这一系列因果关系，就是我们要关注的地方。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展示了这个没落帝国的悲剧命运，历史最终让这些帝王将相所遗留下的痕迹消失。
尽管对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万歷十五年的書中已经进行了深刻批评——道德并非完美，不可取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝的一个显著特征就是依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年开始，中国与西方之间差距越来越大！西方正在崛起，而东方则正在走向沉沦！