石蕴三，曾与樊锥并肩，同为清朝末年拔贡出身。在戊戌变法期间，他与谭嗣同、梁启超等人共同参与时务学堂、南学会等新式学术机构的建立。随着变法失败和陈宝箴等人的革职，他们被通缉，但石蕴三及樊锥得以避难山间幸免于难。
光绪二十六年（1900年），他参加了唐才常领导的汉口起义后，因追缉而逃往上海，并获得蔡锷的资助留学日本。在那里，他先后就读于弘文师范和法政大学。入党后，他自称“苍石”，表达其反清复明的决心。
归国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织湘学会，倡导学生运动。他还在禹之谟创办的唯一学堂（广益中学前身）兼课，但由于禹之谟入狱，他不得不再次逃往上海继续他的教育事业。
宣统三年（1911年），广州起义失败时，他深感愤慨，在黄花岗七十二烈士殉难之后，写下挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君子爱民，民亦爱国。”辛亥革命成功后，由湖南都督谭延闽推荐至北京观政，但他最终未就职。
1922年袁世凯称帝时，他参与云南起义反对袁政府。翌年，被聘为教育部总纂撰写《老学今诠》、《政谈续》等著作，并在湖南大学教授。此外，还著有《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象哲理观》等书籍。
1938年的长沙大火中，其著作遭焚毁，而1948年的最后岁月里，由于病重，只能居住在家乡的一处小屋内，以至于抗战胜利后的生活依然艰苦。他直到去世前，都未放弃对中国文化传统的研究与批判，最终在1948年7月离开了人世。但是他的思想和作品仍影响着今天的人们。