王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的地方。然而，它正是中国封建王朝发展的一个非常重要的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到了“税重民穷”的说法，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府低效。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点，而他撰写《万历十五年》的目的，也在于阐明这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。甚至即使是当时的皇帝，如万历自己，在这种文官集团体制下，只能采取守成之策。这样可以看出一种强大体制惯性的悲哀，他们每个人都各有特色，显得格外耀眼，却尝试着做出改革，最终失败，大部分人还遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了整个集团的平衡，让国家武备、科技进步以及商业发展都陷入停滞状态。而文官与宦官之间权力斗争，更让大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确只是平凡的一年，但就在这个平凡的一年里，发生了一系列历史学家容易忽略的小事件。不过这些事件虽然看似不起眼，但实际上却触及了前面发生的大事，并且为将来引发冲突埋下伏笔。这一系列因果关系恰恰揭示了历史的关键所在。在《万历十五年》这本书中，我们通过对几个关键人物的描述，可以看到这个正在崩溃的帝国背后的悲剧命运，最终这些帝王将相们被时间抹去了记忆。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批判了中国以道德代替法律——道德并非无能，不仅不能取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝特征之一便是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国所有方面，无论其强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那时候开始，即使有一种感觉：中国和西方之间越来越大的差距！西方帝国正在崛起，而东方帝国则开始走向衰落！