王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能被认为平淡无奇，甚至没有值得一提的事件。然而，它恰恰是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都强调“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在国家的赋税过重，而是在于法律的缺失和政府能力不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于阐述这一观点。
在万历年间的大臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都有着自己的特点，但最终大多数人都以悲剧收场。即使是皇帝自己，在这种体制下，只能选择无为而治。这让我们看到了一个强大的体制惯性所带来的悲哀。他们试图改革，但最终失败，大部分人还遭受了革职或入狱的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备、科技进步以及商业发展都陷入停滞。而文官与宦官集团之间夺权更是加速了大明王朝走向衰败。
从历史角度来看，万历十五年的确是一般平常的一年，只不过这一年的几件小事，看似不起眼，却隐藏着影响后续历史的大事件，以及将引发未来的波澜。这其中因果关系，就是历史学家们需要关注的地方。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描述，我们可以看到这个末日临近的王朝悲剧性的命运，最终这些帝王将相所做的一切，都被时间抹去了。
尽管对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇已经在《万历十五年》中进行了深刻批判——道德并非无用，不仅不能取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝的一个特征就是依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论其强度还是广度，都达到了前所未有的程度。
从那以后，一种趋势开始显现：中国与西方之间的差距越来越大！西方帝国正在崛起，而东方帝国开始走向衰落！