王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
关于明史的叙述往往都强调“税重民穷”的情况，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律的缺失和政府能力不足。在两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到顶峰，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都各有特色，努力想要改革，但最终大多数人都遭遇了革职或入狱这样的下场。他们为了整个集团的平衡，对国家武备、科技进步和商业发展造成了停滞。文官集团的统治使他们对于这个国家来说，是一种不幸的一开始，文官与宦官之间权力的斗争更是让大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一种平常而又普通的一年，但是在这一年里，有若干看似不起眼的小事，却实际上都是导致后续大事发生的问题也是将来会引发动荡的人物机缘。这其中因果关系，是历史研究的一个重点。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展现了这个落魄帝国悲惨命运，最终这些帝王将相所做的一切都化为泡影。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德代替法律的情况——道德并非无能，不仅不能取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝特征之一就在于“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那以后，在 万历十五年的某个瞬间开始，一种巨大的差距逐渐显现：西方正在崛起，而东方正在沉沦。这本书就像是打开了一扇窗，让我们看到那个时代背后的真相。