汉朝的军事领导体系在其一千多年的统治中经历了不断的变化和发展。从初期的“与民休息”政策到后来的频繁用兵，汉朝试图保持秦朝那种高度集中和统一的特点，但也面临着诸多挑战。在武帝时期，以“中朝”对抗“外朝”，削弱了王国诸侯的力量，加强了中央对军权的控制。骑兵成为重要兵种，募兵制开始施行，而东汉初期则裁撤郡队、取消都试制度，使得国家军力受损。
在中央政府层面，三公九卿制是早期军事领导体制的一个标志。丞相辅佐皇帝处理天下大事，而太尉掌握最高武职，但不行军令之权。而光禄勋、卫尉、中尉等九卿负责皇宫和京师治安。此外，大将军、骠骑将军、车骑将軍及各种名号的将领都有征伐之责。在武帝时期，大司马被置于丞相之上，其地位显赫，并参与宫中的机密决策。
随着时间推移，大司马的地位进一步提升，最终成为最高行政首脑，其直接下属为大司徒和大司空。大司马主掌全国政务，并且在战争期间亲自指挥大军出征。东汉时期，大司马又被称为太尉，被视为国家最重要的人物之一，其实际作用是总理国家一切政务并直接掌握所有部队。
地方上，郡国并存，每个郡由太守管理，他还需要都尉协助进行各种行政任务，如征集士兵训练他们，以及维护地区安全。当局还设立县级机构，由县令管理，其中包括培训本地正卒以及其他行政任务。此外，还有乡镇组织来执行更细致的手续，比如训练本地防御者们以及处理邮件传递、户籍登记等事情。
然而，在东汉末年，由于黄巾起义导致连年战争，刺史和郡守不仅拥有领兵权，而且还能调动士兵，这就埋下了割据的地方势力的种子。这段历史揭示了一系列复杂而微妙的情形，它们共同塑造了一个辽阔帝国的大幅度波动与转变过程。
