在卞敦的生平中，他年轻时即展现出卓越的才能，先后在州郡和司空府担任重要职务。他的杰出表现赢得了同僚们的赞誉，东海王司马越甚至将他招募为自己的主簿。永嘉三年，当刘聪率领五万精兵威胁洛阳，卞敦与胡毋辅之共同劝说司马越采取行动抵抗，而不被太尉王衍和河南尹潘滔所接受。在激烈争论中，众人最终支持了卞敦，最终成功地阻止了前赵军队的进攻。
随后卞敦成为汝南太守，并拒绝了司马睿的提名为镇东军咨祭酒一职。他接受征南将军山简的邀请担任其司马。当山简面对流民问题时，卞敦监管沔北七郡并领导江夏相事宜。在两次叛乱中，他都能够迅速平定局势。
建兴三年，当杜弢再次反叛时，卞敦作为征讨大都督参与讨伐，最终帮助平定这场叛乱。此后他因功封安陵亭侯，并继续服务于朝廷，在多个关键岗位上发挥作用。随着东晋建立，他成为了太子右卫率，但由于未能有效防御石勒的进攻而被降职。
尽管如此，王敦仍然看重他的能力，将他任命为军司。而在元帝统治期间，当祖逖去世后留下的北方边境遭受石勒侵扰时，人们推举 卞敦以镇守边境，以阻止石勒进一步南下。因此，被授予征虏将军、徐州刺史一职。但当石勒进攻彭城和下邳时，由于无法抵御，其位置被降低至鹰扬将军，并调往大司农。
然而，不久之后王敦表彰他，为征虏将军、都督石头诸军事。这使得他在太宁二年升至假节位阶，并担任镇南将军守护石头城。在王敦之乱结束后，他获得尚书身份，并因贡献而封益阳侯，然后转任光禄勋。他还曾担任安南将军、湘州刺史，但最终辞让此职位。
咸和二年，当苏峻与祖约联合起兵反叛时，即便温峤等人带领援兵前往救援建康，也没有得到卞敦提供支持，只派出了少数部队跟随他们。当陶侃提出批评说“阻碍战线，没有勇气”，并请求对其进行审判，这使得他的声望急剧下降。不久之后，被调往广州刺史，但由于病痛未能履行职责。最后，因为没有积极参与讨伐苏峻，被授予光禄大夫及少府称号，不过不久便因为内疚感忧郁而去世，其子孙承袭益阳侯遗产并谥敬侯。