李开元所述，吕马童的身世不明，他被归类为秦人。公元前206年，汉朝初期，吕马童以郎中骑将身份加入刘邦麾下的军队，在好畤（今陕西省乾县东）一带立下战功。他参与了汉四年的十一月份与韩信共同对抗龙且的战争，这场胜利使他得以晋升为骑司马。
随后在汉五年的十二月份，吕马童又参加了垓下之战。在项羽自刎于乌江亭之后，他与杨喜、吕胜、杨武等人共同分割了项羽的尸体，因其贡献，被封为中水侯。直到汉文帝十年（公元前170年），吕马童去世时，他获得了庄侯的谥号。
他的子嗣继承了爵位，其中他的儿子吕假接替父亲成为新任中水侯。随后传给的是他的孙辈，即吕青肩，再由他传给孙子的儿子——吕德。而最终到了第五代，即吕宜成（《史记》称作“瑑”），在汉武帝元鼎五年的某一年，因为滥用官力夺取爵位而失去了所有荣誉。
《史记·项羽本纪》提到，在项羽败北前的最后时刻，他曾经称呼过吕马童为“故人”，但关于两人具体是如何相识以及他们之间关系的详细情况，却没有任何明确的记载留存下来。