在卞敦的仕途中，他先后担任过州郡和司空府的职务，之后又历任太子舍人、尚书郎。他的卓越表现赢得了同僚们的高度评价，东海王司马越闻讯后，即召他为自己的主簿。在永嘉三年（309年），面对前赵刘聪率军逼近洛阳时，卞敦与胡毋辅之共同劝说时任太傅的司马越抵抗，但遭到了太尉王衍和河南尹潘滔强烈反对。卞敦不懈地争论，最终众人支持他的意见，司马越最终决定出兵抵抗，并成功击退了前赵军。
随后卞敦被调至汝南郡守，当时晋室皇帝曾邀请他出任镇东军咨祭酒，但卞敦拒绝了这一荣誉。征南将军山简则请求他担任其身边的司马。在接下来的几年里，山简派遣卞敦监管沔北七个郡，并领江夏相署，在夏口驻扎。他成功平息了沔中的叛乱。此外，他还参与讨伐多次叛乱，其中包括杜弢领导的叛变，都一一取得胜利。
建兴三年（315年）杜弢再次起义时，卞敦被授予征讨大都督身份参与镇压，这场战役也由他指挥，最终平定了杜弢的大举反攻。基于这些成就，他获得封号安陵亭侯。当王敦成为镇东大将军并请求拥有一支精锐部队时，卞敦被委以此重责。
在东晋建立之后，卞敦继续服务于朝廷，被选为太子右卫率。一旦祖逖去世，其收复的地土又被石勒夺回，并进至淮河流域边界，那么元帝开始寻找一个有能力的人来保护边疆，以阻止石勒进一步侵犯。当时众人推荐的是 卞 敦，所以他被授予征虏将军和徐州刺史职位，不久便因畏敌而退守盱眙，从而失去了许多重要城池给石勒。
由于这次失败，被认为是畏惧战事的行为，使得他的职位降低到鹰扬将军并调往大司农处工作。但王敦很快提升他的官阶，让他担任征虏将军及都督石头诸营事物。接着，在明帝趁权臣王敦病重之机发动政变期间，上奏讨伐权臣，就授予假节并命其镇守石头城。在清除完毕各方势力之后，将其升迁为尚书，并因功封益阳侯。此后的几个月内，又改掌光禄勋职务。不久，又获提拔至安南将軍及湘州刺史。这一次，由于朝廷对高级官员进行调整，将其升为征南將軍，但却遭到辞让。这项提议最后未能实现，因为苏峻联合祖约发动政变，而温峤等带领救援部队前往建康支援，这一切发生在咸和二年的春季当中。而且，还没有提供给他们所需补给品，只派出了荀璲带着数百名士兵跟随大师兄去帮助他们。当这个消息传遍天下，没有一个人不感到愤慨或遗憾；甚至陶侃更是深感愤怒。他要求把这件事交付给廷尉处理。但丙相王导因为那时候国家正处于混乱之中，一般都是宽恕之道，因此建议转让任务给其他人员，而不是牵连更多无辜者。不过，由于不断受到人们批评，同时也因为忧郁症状加剧，对自己过去的一些选择感到羟耻，无奈地不得不离开公职生活。不久以后，因病早逝，有优异成绩追赠本官，加上散骑常侍称号，并谥号敬侯。而儿子 卞滔继承家业，并承袭益阳县令爵位。
