王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的这一年，不仅决定了许多事情的走向，也展现了一种平淡无奇、甚至毫无可谈之处的景象。然而，这恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
关于明史的叙述往往以“税重民穷”为主题，但黄仁宇认为，这并非国家赋税过重所致，而在于法律与政府效能的问题。两千多年的中国历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，便在于阐释这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人都有着各自独特的一面，却又都以悲剧收场。即便是当时的皇帝，同样只能选择袖手旁观。在这种文官集团体制下，他们无法真正施展自己的能力。这一切反映出一种强大的体制惯性所带来的悲哀。
这些人虽然尝试改革，但最终失败，大部分还遭受革职或入狱等命运。而文官集团为了维持自身利益和集体平衡，导致国家武备、科技进步及商业发展陷入停滞。文官与宦官之间权力斗争，更是加速了大明帝国的衰败。
历史上，万历十五年只是一个平常而显得微不足道的一年，但却隐藏着若干容易被忽略的小事件，它们看似不起眼，却实际上成为前事后果以及未来变局产生关键因素。这一系列因果关系，就是历史学家关注的重点。而通过对几个关键人物的描绘，《万历十五年》揭示了这个衰落王朝悲惨命运，以及它如何随时间消逝。
黄仁宇批判道德不能取代技术，更不能替代法律，他认为，“依靠意识形态作为统治手段”的特征，是明朝的一个显著标志。意识形态渗透到了帝国所有方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那以后，一段时间里，我们可以看到中国与西方之间越来越宽广的地理距离。当西方帝国崛起的时候，东方帝国开始向下坡滑去。在那个时代，每一次咳嗽，每一次风吹过，都似乎预示着一场深刻变革即将到来，而我们是否能够认识到这一点，并且做好准备，则成为了一个问题。
