王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府效率低下。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一观点。
在万历年间，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都各有特点，都试图改革，但最终失败。大部分人还遭遇了革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家的武备、科技进步和商业发展都陷入停滞。文官集团的统治，对这个国家来说，无疑是一场不幸开始，加上文官与宦官之间权力的斗争，更是使大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一般平常的一年，只不过是在这一年的时间里，有一些通常被历史学家忽略的小事发生了。但这些看似微不足道的小事，其实却是以前重大事件的一个症结，也是将来会引发波澜的大机缘。这其中因果关系，是历史研究中的重点。在《万历十五年》这本书中，我们通过对几个关键人物的描述，看到了这个正在崩溃的王朝悲剧命运，最终，这些帝王将相所面临的人生宿命由历史决定了。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻地批评了中国以道德代替法律的情况——道德并非无能，不仅不能取代技术，而且更不可取代法律。他认为，明朝的一个显著特征就是“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论其强度还是广度，都达到了前所未有的程度。”
从那以后，随着时间推移，每当我们回望那个时代，那种差距就越来越清晰：西方世界正在崛起，而东方世界则开始走向衰落。