元朝的版图辽阔，疆域之广，使得中央集权难以有效控制地方事务。
元朝建立后，忽必烈通过一系列改革措施试图巩固中央集权，但实际上，由于国家版图过于辽阔，各地封建诸侯和军事将领往往拥有较大的自治权。尤其是在西北边陲地区，如蒙古、哈萨克等民族仍然保持着一定程度的独立性，这使得中央对这些地区的管控力度受到限制。此外，在南宋被灭之后，一些南方的地方势力也未能完全被消除，其影响力在一定程度上削弱了元朝对全境的统治力量。
元朝末年的分裂与动荡导致许多重要文献和史料丢失或未被记录下来。
元末明初时期发生了一系列政治动荡事件，如红巾军起义、朱元璋夺取政权等，这些事件不仅造成了巨大的社会混乱，也导致大量珍贵文物和史料遭到破坏或遗失。同时，由于当时的人们更多关注的是新的统治秩序，因此许多关于元代历史的小册子、日记和其他非官方文献可能并没有得到长久保存，或是未能传入后世，从而减少了我们了解这个时期历史情况的手段。
元代文化上的交流与融合虽然丰富，但在学术研究中相对缺乏深入探讨。
尽管元代是中国与亚洲乃至世界多种文化交流的大门，但是这一点在现代学术研究中还远远没有得到充分挖掘。在文学艺术方面，可以看到阿拉伯数字、小字书法等外来元素影响到了汉字书法；宗教方面，则有佛教、伊斯兰教等东方宗教与道教儒释三家融合产生了一批新兴宗派。而且，对待蒙古族以及其他少数民族进行的一些政策调整也反映出一种文化包容性的特点。但由于各种原因，这一时期所展现出的多样性及融合性，并未成为主要研究方向。
对于那些参与创建大明王朝的人来说，他们更倾向于抹去之前几个世纪的复杂历史，以便为自己的统治提供一个纯洁无瑕的地基。
朱棣篡夺帝位后，他为了巩固自己的皇位地位，便开始铲除一切可能威胁自己统治根基的事实。这包括但不限于抹杀前任皇帝及其家族，以及对于以前历次政变背后的真相进行彻底销毁。这一过程中，不仅直接涉及到一些重要文件资料，而且间接地影响到了整个时代背景下的记载方式。因此，很多关于晚期金国甚至更早前的信息都因为这种“清洗”而变得模糊不清或者根本无法追溯出来，从而让人难以获得完整准确的地理位置分布数据用于分析研究。
在当今社会，我们可以通过考古发掘、新发现文献以及科学技术手段来进一步揭开这个神秘时代的面纱，为人们提供更加精确详细的情景描绘。
随着科技发展，我们能够运用先进仪器设备进行考古发掘，比如使用雷达成像技术寻找地下结构，将极大地推进了对遗迹现场的情况了解。在此基础上，加强国际合作，与海外同行共享资源信息，将有助於跨越地域界限恢复失落文明。此外，还有利用计算机辅助设计重现过去建筑模型、应用数字化技术保护和展示文化遗产等方法，都将为我们解锁更多关于元代隐藏故事带来的线索。