明朝末年，国力衰弱，地方势力日益强大，这一时期最为显著的反叛事件是李自成领导的农民起义和张献忠建立的后金政权。
1644年4月25日，李自成率领起义军攻破了北京，并迫使崇祯帝自杀。清兵入关后，明朝就此灭亡，但李自成并未能够统一全中国，他在位期间内忧外患，最终被清军击败而死。
张献忠则在四川地区建立了自己的政权，他残酷无情地镇压异己，用极端的手段控制下属，从而迅速扩大了他的势力范围。但是，由于其暴行太过严苛，最终也无法获得人民的支持，只能逃往云南。
另一个重要的地方势力的是王翊、吕子春等人，他们分别称雄于浙江和福建，这些“三藩”虽然实力较小，但对抗清廷有所助益。王翊曾与吴三桂结盟，对抗清军；吕子春则坚持独立，不愿臣服于满洲族。
最后，在战略上，“三藩”各自分立，使得清政府难以集中力量彻底平定这三个地区，而他们之间又相互牵制，因此尽管各个藩部都最终被消灭，但是它们对整个过程产生了一定的影响，为史学研究提供了宝贵的资料。
