王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能被认为平淡无奇，甚至没有值得一提的事件。然而，它恰恰是中国封建王朝发展的一个重要时期。
过去关于明史的叙述几乎都强调“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律的和政府能力不足。两千年的中国历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，他写作《万历十五年》的目的也是为了说明这一观点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，无一例外地以悲剧收场。即便是当时的君主，也只能无为而治。这让我们看到了体制惯性的力量所带来的悲哀，他们每个人都有各自独特的一面，闪耀着光芒，但他们试图进行改革最终失败，大部分人还遭受了革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备、科技革新和商业发展陷入停滞。文官集团对这个国家来说，无疑是一场不幸开始，加之宦官集团夺权，更使得大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年的确是一个平静的一年，只是在这一年里，就发生了一些容易被忽视的小事，但这些事件看似微不足道，却实际上却是导致以前大事发生的问题，也预示着将来会掀起波澜的事变。在《万历十五年》中，我们通过描述几个关键人物，看到了这个没落王朝悲剧命运，最终历史让这些帝王将相所遗忘。
虽然对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》已经批评得很透彻——道德并非无能，它不能取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝的一个特征就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国所有方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年开始，一直到现在，我国与西方之间的差距越来越大！西方正在崛起，而东方则沉沦！