王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的地方。然而，它正是中国封建王朝发展的一个非常重要的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到了“税重民穷”的说法，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府低效。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点。而他写作《万历十五年》的目的是要说明这一观点。
在明朝万历年的高级官员，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都以悲剧收场。即使是当时的皇帝，万历自己，在这种文官集团体制下，只能采取等待而非主动干预的态度。这让我们看到了强大体制惯性的悲哀。在这个时代，每个人都有自己的特点，闪耀着光芒，也尝试进行改革，但最终失败，大多数人甚至遭受革职或入狱这样的下场。一群文官为了整个集团的平衡，不仅阻碍了国家武备、科技进步和商业发展，还导致了社会停滞不前。文官集团对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，而文官与宦官之间权力的争夺，更是加速了大明王朝衰败。
在历史上，万历十五年虽然表面上只是一个平常无奇的一年，但是其中隐藏着若干历史学家容易忽略的小事件。但这些看似微不足道的事实，却实际上揭示了以前重大事件背后的症结所在，也预示着将来会引发更大的变动。在《万歷十五年的描述中，我们看到了一個即將崩潰的大明帝国，以及它那悲劇般命運中的几个关键人物。
尽管黄仁宇在他的著作中已经批判得很透彻——道德并不是无敌手，不可替代技术，更不可替代法律。他认为，明朝的一个特征，就是依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度来说，都达到空前的水平。
从那一刻起，中国与西方之间的差距越来越大！西方帝国正在崛起，而东方帝国却开始走向衰落！