王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，是中国封建王朝发展的一个十分重要的阶段。关于明史的叙述，几乎都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因不在国家的赋税过重，而在法律的和政府的低能。中国两千年来，以道德代替法制的情况，到明代到达了极点，而他写作《万历十五年的目的，也重在说明这一看法。
明朝万历年间的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，无一不以悲剧收场。他们每个人都各有特点，亮光闪闪，也试图做出改革，但最终失败，大部分人还落得个革职、入狱甚至被处死。一群文官为了整个集团的平衡，国家的武备、科技的革新、商业的发展都陷于停滞。文官集团与宦官集团之间夺权更是使大明王朝残破不堪。
历史上，万历十五年只是平平淡淡的一年，但这一年的事件却是以前发生大事的小结，也是将会掀起波澜的大机缘。这一年里发生了若干历史学家容易忽视的小事件，它们之间因果关系恰恰是历史上的重点。在《万历十五年的描述中，我们看到了这个没落王朝悲剧命运，以及这些帝王将相所面临的问题。
虽然黄仁宇批评了中国以道德代替法律，他认为这种方式非但不能解决问题，还可能导致更多问题。他认为，这种情况到了明朝达到了一定的程度，并且影响到了整个帝国，从强度和广度上都是空前未有的。而从那时候开始，不仅中国内部的问题日益严峻，而且与西方帝国之间也逐渐出现了差距，一方面西方帝国正在崛起，一方面东方帝国开始走向衰落。这是一个转折点，对后来的世界产生深远影响。