王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律缺失和政府能力不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极致。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一观点。
在那段时间内，明朝的一位重臣张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都有着自己的特点，都试图推动改革，但最终大多数人遭遇失败，只能落得个革职入狱这样的下场。这群文官为了维护整个集团的利益，使得国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。文官集团的统治对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，加上宦官集团夺权，更是使大明王朝走向衰败。
从历史的角度来看，万历十五年的确是一年平凡无奇，只不过这一年的几个事件被很多历史学家忽略了，而这些看似不起眼的小事，却实际上揭示了前事后果之间复杂的情节，是未来波澜壮阔事件背后的关键因素。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物描述，看到了那个即将崩溃帝国悲剧命运，以及如何让那些帝王将相变得微不足道。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经批评透彻了以道德代替法律的问题——道德并非完美，不可取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝的一个显著特征就在于依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前的水平。
从那一刻起，中国与西方之间差距不断扩大！西方帝国正在崛起，而东方帝国则开始走向衰败！