王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的这一年，不仅决定了许多事情的走向，也展现了中国封建王朝发展的一个重要阶段。传统上关于明史的叙述往往以“税重民穷”为主题，但黄仁宇则认为，这种贫困状况并非主要由国家赋税过重所致，而在于法律体系和政府效能的问题。在两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极点，而黄仁宇通过撰写《万历十五年》旨在阐述这一观点。
万历年间的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即使是当时的皇帝也只能采取无为而治的态度，由此可以看出体制惯性的强大与带来的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，试图进行改革，但最终失败，大多数人甚至遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步以及商业发展陷入停滞。而文官集团的统治被视作对这个国家不幸的开始，加上宦官集团夺权，更是加速了大明王朝崩溃。
历史上的万历十五年虽然平淡无奇，却包含了一系列容易被忽略的小事件，这些事件虽看似不起眼，却成为了前事的大因，预示着将来可能引发重大变动。这些事件之间复杂的情感纠葛，是历史研究中的重点。通过描述几个关键人物，《万历十五年》揭示了这个衰落帝国悲剧命运，最终这些帝王将相所留下的遗迹随时间消逝。
尽管批评中国以道德代替法律已经很透彻——道德并非无限完美，无法取代技术，更无法完全替代法律——黄仁宇在《万历十五年》中指出了明朝特征，即依赖意识形态作为统治手段，并且这种意识形态渗透到帝国各个方面，从强度到广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年起，中国与西方之间的差距逐渐拉开。这一时期，一边是西方帝国兴起，一边是东方帝国开始衰败。这是一个转折点，对于理解那个时代及其影响至关重要。
