早在魏忠贤捕捉东林六君子时，他就担心一个人会反。这个人就是掌兵的东林系官员孙承宗。孙承宗，河北保定人，相貌奇伟，声音浑厚，文武全才，忠烈刚勇，是见证晚明败亡的一个重要人物。他是万历三十二年进士，初授翰林院编修，而后转拜中允。万历四十五年即公元1617年，孙承宗出任应天乡试主考官，因试题上引用了自己语录而遭到党同伐异的保守同僚忌恨。
我们知道，明朝实行保守封建制度，科举考试范围严格限定于四书五经，只能为圣人代言，对自由发挥持有戒备之心。孙承宗用自己的语录命题，这不是对圣人的不敬吗？于是保守官僚们想通过干部考核将孙承宗逐出京师。危难之际，与其说他得到了东林党人的帮助，不如说是大学士刘一燝力保孔回归正轨，让他的事业重获新生，从此与东林结下不解之缘。
天启元年即1621年，由于讲课通俗易懂深受朱由校欣赏，加封兵部尚书兼任东阁大学士。在辽东前线面临压力时，他请求亲自前往决断，被加封太子太保。不久，他坐镇辽东四年的威望日盛，使辽边安宁，即使魏忠贤也曾想拉拢他，但未得到回应，因为他并不需要这样的外援。
然而，当魏忠贤驱逐高攀龙、杨涟等时，在巡视蓟州期间得知这一消息的孙承宗考虑利用万寿节入京以面陈意见。当夜十一月，以“祝寿”名义带着几千名精锐军队向北京进发。这一举动是否属于“清君侧”的行动，使得魏忠贤惊慌失措，一度哭泣起来。
但这次行动并非真正反叛，而是一种告状的手段，没有带任何军队，也没有筹码去抗衡皇帝或阉党。而且，在明朝这种极端集权和崇文抑武的体制下，即便有意反叛，也难以为继。此刻留给他的选择只有遵旨或者退缩。尽管如此，这个事件还是让人们思考：在一个专制政权中，为何没有一个大臣敢于公开反抗？
明朝军制实行军户制，每户提供壮丁作为常备军，但这导致了作战能力低下。而文臣如岳飞、张居正等都因害怕身死而选择投降，而非独立起兵。这一切，都因为儒家思想和制度上的束缚，使得像孔回避了可能的人道悲剧，最终只能眼睁睁看着国家走向灭亡。
随着事件发展，无论如何，“残存”的东林党内也没有一人质疑这些命令，他们只是默默地执行，并因此成为维护秩序的一部分。但他们不知道的是，这种无条件服从实际上助长了一方势力的野心，如魏忠贤那样的人更容易滋生私欲和权谋。此后的时间里，他们纷纷倒台，而孔回归原职位，却再也无法挽救局面的动荡。
